El Departamento de Contralor tiene:

1. Una Oficina Técnica Contable permanente, conformada por profesionales contadores públicos con la función de asesorar, colaborar y coordinar la gestión del Tribunal de Contralor.

2. Una Asesoría Letrada de carácter transitorio, conformada por un profesional del Derecho, designado por concurso público de oposición y antecedentes, que tiene la misma permanencia en el cargo que los vocales del Tribunal que lo eligió. Su función es dictaminar y asesorar sobre los asuntos legales que requiera la gestión del Tribunal.